如果没有孤对电子，则电子对空间构型与分子空间构型是一样的。如果有孤对电子，两者不同。如：在H2O分子中，O原子价层电子对数为4，排布方式为四面体，因价层电子对中有2对孤对电子，所以H2O分子的空间构型为V形。
价电子对包括成键电子对和孤电子对，它们在空间以一定构型排列，但分子构型只考虑成键电子对，所以中心原子有孤电子对的分子的空间构型和价电子对的几何构型不同。
例：nh3中价电子对（4对，其中一对是孤电子对）的几何构型是四面体型，而分子构型是三角锥型，再如水中价电子对（4对，其中2对是孤电子对）的几何构型是四面体型，而分子构型是v型
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