那要看你的工资费用是怎么核算的了，如果该缺勤扣款，你们是作为一项其他收入，或者冲抵其他费用，那么应该是要做税后扣除的；如果该缺勤扣款只是在原工资费用总额中减除出来，那就是贵公司支付这个员工的工资费用减少了，真正承担的费用是后者，就应该税前扣除。
