如果增值税专用缴款书是开具给代理方的，代理方按照规定征收增值税，同时凭海关开具给代理方的海关增值税专用缴款书抵扣增值税，委托方不允许使用该缴款书抵扣税款。
对对海关代征进口环节增值税开据的增值税专用缴款书上标明有两个单位名称，即，既有代理进口单位名称，又有委托进口单位名称的，只准予其中取得专用缴款书原件的一个单位抵扣税款。申报抵扣税款的委托进口单位，必须提供相应的海关代征增值税专用缴款书原件、委托代理合同及付款凭证，否则，不予抵扣进项税款。
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