协会最高权力机构是会员大会，下设理事会、常务理事会，日常有秘书处处理日常会议等安排，用过6个工作研究室，7个常驻部门。具体构架见右图。从2009年开始，银监会向协会派驻专职副会长作为中国银行业监督管理委员会副巡视员。截止至2009年底，已有58家会员单位。
