单位未经职工代表大会通过，制定员工处罚条例，是无效的。
依据相关法律规定，用人单位未经工会以及职工代表大会讨论审议，用人单位单方无权修改《员工手册》。公司的《员工手册》作为公司的规章制度的一部分，其制定主体不但要适格，而且在制定的程序上也要合法。根据《劳动合同法》规定，用人单位规章制度的制定应依照企业的民主程序进行，由职工代表大会讨论通过，并要向全体员工公示，包括制定程序和告知程序。即用人单位应当将直接涉及员工切身利益的规章制度和重大事项经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将《员工手册》的具体内容向员工公示以及履行告知义务。
用人单位依法制定的《员工手册》具有严格的程序，其未经职工代表大会的讨论，用人单位是无权利单方修改《员工手册》。用人单位单方修改的，对劳动者不具有约束力，即不能作为管理员工的依据。
无效
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