如果报关单上的特殊关系一项填写错误，可以考虑以下几种处理方式：
1. 修改报关单：如果还处于报关单提交前的阶段，可以修改报关单并重新提交。务必确保所有信息的准确性，以避免在后续流程中出现更多问题。
2. 申请更正：如果已经提交了报关单，可以向海关申请更正。需要提供证明材料，并按照海关的要求进行更正。
3. 重新报关：如果错误的信息对报关造成了实质性的影响，可能需要重新报关。这可能需要花费更多的时间和成本，因此需要根据具体情况来决定是否值得。
无论采取何种方式，建议尽快处理，以确保报关的顺利进行。同时，对于报关单的填写应该更加谨慎，以避免类似的问题再次发生。
一般没什么影响，但若是关系比较明显的，比如某两家知名公司大家都熟知有合作关系的，或者那种一看公司名就知道有特殊关系的，就必须更改过来。
特殊关系一般会影响进出口货物的成交价格，成交价格一影响就会影响征税。
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