改变CheckBox状态之前，设置一个bool标志，当事件触发时检测这个标志，如果为true则直接返回；工作结束后，将标志状态设为false。
bool flag = false;
void program()
{
flag = true;
checkbox1.Checked = false;
..... //要做的工作放在这里
flag = false;
}
void CheckBox1_Changed(object sender, EventArgs e)
{
if (flag) return;
..... 事件处理放在这里
}
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