保护伞用防止病毒传播为由,将一颗5000吨TNT炸药当量的核弹投到了浣熊市,浣熊市的僵尸被杀死了,但病毒却像闪电一样,从浣熊市到美国,甚至是整个地球,地球在沙化,整个地球像被世界末日洗劫过一样,爱丽丝(米拉·乔沃维奇饰)自从获得超能力后,准备拯救剩下的生存者。
为了生存,大队长卡洛斯·奥利维拉、克莱尔·雷德菲尔德、黑人L.J.、西部牛仔蔡斯、护士贝蒂、米奇和中途救下来的女孩K·马特,与大约60名生存者开着大大小小的车:校车、越野车、新闻车、救护车、甚至是油罐车,车窗上都安上了栅栏,车轮则安装了尖尖的刺,可以将僵尸撞飞然后碾压一顿,L.J.最喜欢干这种事情。
爱丽丝正在浴缸内洗澡,之后来到了激光室,两条激光差点要了爱丽丝的命,之后爱丽丝通过通风管到了一个保护伞的医院,之后一个武器打死了她,伊萨克博士(伊恩·格雷饰)看见正在流血的爱丽丝叫助手化验她的血液,之后将爱丽丝扔到了荒郊野外,野外有很多爱丽丝的尸体,而栅栏外边则有很多僵尸。
爱丽丝骑着摩托跟那些生存者一样,穿越于茫茫沙漠之间,之后到了一个小房子内,有一帮人将爱丽丝困在那里,然后放出僵尸狗撕咬爱丽丝,生化人爱丽丝不费吹灰之力就将那些灭绝狗性的僵尸狗给解决了,那些困住爱丽丝的人也被僵尸狗杀掉。之后,爱丽丝重整行装继续出发。
保护伞公司内部,伊萨克博士朝阿尔伯特·威斯克(杰森·奥玛拉饰)准备驯化僵尸,被驯化的僵尸可以接打手机、玩小方块,但之后僵尸尸性大发,伊萨克博士逃出,而他的两个助手被僵尸杀掉。
一边,大车队到了一个小宾馆,卡洛斯和L.J.到了里面,但没想到里面都有僵尸,L.J.被抓伤,卡洛斯抬枪就把那些僵尸给杀掉,这时L.J.到了救护车上面,贝蒂帮他包扎一下,然后两人产生了暧昧之情,同时爱丽丝到了一个废弃的加油站。
无奈加油机已经坏掉了,爱丽丝突然发现一只眼睛很异常的乌鸦,之后爱丽丝一个飞镖解决了它,之后到了一个小房子里,发现了一本本子,上面写着一些可能未被感染的地区,爱丽丝带上本子继续出发。
摩托车摔坏了,爱丽丝只能步行,之后爱丽丝发现了大车队,正好有很多的乌鸦来了,克莱尔看到它们吃了僵尸的肉,它们的本性和眼睛都很异常,卡洛斯和克莱尔发出命令叫大家别发出声音,之后校车上的一个罐头掉了,乌鸦们都飞起来展开攻势,贝蒂为保护生存者壮烈牺牲。
他们团队的一个大叔上车用喷火器杀乌鸦。最后被乌鸦袭击掉下来导致喷火器失控错伤了卡洛斯和那小女孩!,正好爱丽丝来了,爱丽丝保护了那个生存者,烧死了很多乌鸦,之后爱丽丝体力透支,倒在了卡洛斯的怀里
故事仍然来源于那款最受欢迎的电脑游戏,只是已经渐渐走进尾声……艾丽丝在卡洛斯·奥利维拉和L·J的帮助下从保护伞公司严密的实验室中成功脱逃,然而经过了几次活体实验,艾丽丝发现自己的身体里又有某种全新的力量觉醒了,强大到无法控制,让她感到害怕。时间继续推后三年,在这个期间,活死人几乎摧毁了整个世界,地球就像是刚刚经历了“世界末日”,处处是漫天飞舞的黄沙,一片荒凉凄惨的破败景象。有幸生存下来的人暂时结成了同盟,差不多组成了一个数量在30人左右的“求生小组”,驾驶着各式各样的交通工具--包括校车、救护车、新闻车和油罐车,艰难地在内华达州的沙漠上行走着,从一座被毁的城市抵达另一座被毁的城市,只为了寻找食物和水,以维持最低的生存保障,同时还要避开麻烦和活死人。
艾丽丝就故作平凡地隐藏在这群极度疲于奔命的人之中,她在秘密地保护着这些人类最后的希望,却又不敢表明自己的身份以及超凡的能力。由于艾丽丝的DNA能够抵制T-病毒,所以就成了保护伞公司最梦寐以求的活体实验品,但也帮助她获得了空前的能量和独立性,自从她从浣熊城逃出来后,惟一能做的似乎就是继续活下去,保护这些世界上仅存的生命。
对于保护伞公司都在她的身上做了什么,艾丽丝心里很清楚,她知道保护伞公司能够透过她的眼睛看到发生在她面前的一切,几乎就是把她当成了间谍,所以,艾丽丝不得不孤立自己,与所有的人都保持距离,她不知道为什么自己总能得到新的能量,可是她发现自己就快控制不住它们了,害怕到睡觉的时候都会做噩梦。
卡洛斯重新回到艾丽丝身边,这让艾丽丝着实松了一口气,由于以前都曾是保护伞公司的雇员,所以卡洛斯了解艾丽丝正在承受的痛苦和孤独,而他们之间也不可避免地产生了暧昧的情愫……至于导致一切惨剧的罪魁祸首保护伞公司也没闲着,他们绝望地想要亡羊补牢,希望可以制造让活死人恢复人性的药剂,结果却适得其反,反而开发出了更恐怖的“超级活死人”--这个世界,还有真正安全的地方吗?
《生化危机:灭绝》是继《生化危机:启示录》的第三部“生化危机”系列的电影,由拉塞尔·穆卡希执导。在该片中爱丽丝被保护伞公司实验室复制,成了伊萨克博士的研究标本。地球变成不毛之地,爱丽丝在保护幸存者的过程中也和卡洛斯开始了暧昧之情