和我们公司有点像诶，你们的账和税都是总部处理的话。你们的药店应该是属于非独立核算的分公司吧，我们公司的门店（分公司）是小规模的纳税人，我们公司总部是增值税一般纳税人，不知道你们的是不是咯。我们是汇总到总部统一核算，纳税的，门店都是月末零申报。要先向国税申请汇总纳税。才能这样操作哦。
同城企业非法人分支机构非独立核算的机构需要到当地办理营业执照（非企业法人）和税务登记等相关手续。
它是独立会计主体，独立建账，发票购买、个人所得税、增值税申报、缴纳等流转税均在当地办理。
企业所得税遵”统一计算、分级管理、当地预缴、汇总清算“原则，是指：
（1）由总公司按照总、分公司“资产总额、工资总额、收入总额”比重，计算出总、分公司预交比例，报总公司税务机关核准后，报分公司所在地税务机关备案。
（2）季末，总公司按照核准备案的比例，计算出总、分公司应交所得税金额。
（3）总、分公司在季末的次月分别申报、缴纳企业所得税。
（4）年终后，次年初总公司负责汇算清缴。
跨地区销售需要开具增值税发票的,因为可以抵扣,所以结果是一样的.
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