1、我觉得还是按正常的做账思路来做的.举个例子:去年某月进项总额10000(其中应转出的进项是2000),该月的销项是13000.如果没有进项转出,当月的应纳增值税=13000-10000=3000.现在,有2000的进项必须是转出的,则该月的应纳增值税是3000+2000=5000.而你实际上是缴了5000的增值税.并已做分录
借:应交税金-已交税金5000
贷:银行存款5000
2、由于你没有把这2000的进项转出分录做出来，导致应交税金-增值税的销项减进项的差额与次月已缴税金不符。所以，你现在只要补做一个进项转出的分录就行了。贷方是应交税金-应交增值税-进项转出。借方要看你所转出的进项是属于原材料 还是产成品或是其他什么科目而定
3、顺便要指出的是：如果你所缴的5000是在当月缴纳的，那么做已交税金是正确的。如果是在次月缴纳的，那么，你就少做了一个分录。应该把当月的销项与进项的差额转入“应交税金-未交增值税”中去。具体的你可以去看下相关的会计教材。如果你是用会计软件做账的，你会更清楚这一点。
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