①海洋原生动物繁殖率很高，是其他动物的理想食料。许多种类能通过培养，作为饵料。它们具有一定的营养价值，在浮游生物营养循环中起着重要作用，是海洋食物链的重要组成部分。②有孔虫和放射虫等类的钙质和硅质骨骼沉降到海底，形成生物沉积物，可作为地层划分的依据。有人认为，海洋原生动物的大量出现和沉积是形成石油的原因之一。③海洋原生动物可作为细胞生物学、生物化学等研究的很好的实验材料。
