C1驾照在实习期被扣了6分会延长实习期吗

不需要延长实习期。
按照修订后的，自2013年1月1日起施行的《机动车驾驶证申领和使用规定》（公安部令第123号），也就是大家所说的“新交规”第六十九条 的有关规定：
机动车驾驶人在实习期内有记满12分记录的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。

也就是说，C1照驾驶员 在“实习期”只有扣分满12分，才会注销驾驶证（驾驶证注销后，需要重新报名，与第一次一样，参加科目1、科目2、科目3、科目4 考试）。
C1照驾驶员 在“实习期”扣6分，不会延长“实习期”。

只有领取 B照 和A照 的驾驶员，在实习期扣六分（未达到12分）实习期限延长一年。

下面是《机动车驾驶证申领和使用规定》（公安部令第123号）第六十九条 的全部内容：
第六十九条 机动车驾驶人在实习期内有记满12分记录的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。被注销的驾驶资格不属于最高准驾车型的，还应当按照第六十八条第一款规定，注销其最高准驾车型驾驶资格。
持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的驾驶人在一年实习期内记6分以上但未达到12分的，实习期限延长一年。在延长的实习期内再次记6分以上但未达到12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。

不会。C1驾驶证实习期内扣6分不会有问题，只要缴纳了罚款，记分周期结束时记分会自动清除。实习期内扣6分延长实习期一年是针对A、B照驾驶证的，C1驾驶证不存在延长实习期问题。

《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十九条 机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除;记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。

《机动车驾驶证申领和使用规定》第七十九条 持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的驾驶人在一年实习期内记6分以上但未达到12分的，实习期限延长一年。在延长的实习期内再次记6分以上但未达到12分的，注销其实习的准驾车型驾驶资格。