4对基因独立遗传，每一对都遵循基因分离定律，单独分析每一对基因，Aa自交后代有3种基因型，2种表现型；Bb（B与b为不完全显性）自交自交后代有3种基因型，3种表现型；Cc自交后代有3种基因型，2种表现型；Dd自交后代有3种基因型，2种表现型．（1）基因型为AaBbCcDd的个体自交，后代基因型种类为3×3×3×3=81种；（2）基因型为AaBbCcDd的个体自交，后代的表现型种类为2×3×2×2=24种．故选：D．
