A.NH3和CH4,原子数目不相同;电子数分别为7+1×3=10,6+1×4=10,故A错误; B.H2O和CO2电子数分别为10和22,故B错误;C.CO2和HCl原子数目不相同,故C错误;D.H3O+和NH3原子数都为4,电子数都为10,属于等电子体,故D正确.故选D.