这种现象我们公司也遇到过。我们的处理是：
借：物资采购 （实际物资货款）A
应交税金—应交增值税进项（发票票面税金）B
贷：应付账款（实际货款+实际税金）C
营业外收入（多开物资部分税金）D
物资采购 （发票的物资货款-实际物资货款）E
借：原材料（实际物资货款）A
贷：物资采购（实际物资货款）A
这种现象相当于对方多给了我们进项，他们会打证明过来，说我司应付给他们的金额为（实际货款+实际税金）。
借:你购买的商品
贷:现金
应付帐款(即未付款额)
借：原材料
应交税金--进项税额
贷：现金
应付账款
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