增值税专用发票丢失处理办法是：第一步，于发现丢失当日，遗失人应当书面报告税务机关。第二步，登报声明作废。第三步，根据开具罚单或行政处罚意见书进行复印，并提交复印件。
【法律依据】
《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二条
在全国范围内统一式样的发票，由国家税务总局确定。
在省、自治区、直辖市范围内统一式样的发票，由省、自治区、直辖市税务局（以下简称省税务局）确定。
第三十一条
使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。
第二十七条
开具发票后，如发生销货退回需开红字发票的，必须收回原发票并注明“作废”字样或取得对方有效证明。
开具发票后，如发生销售折让的，必须在收回原发票并注明“作废”字样后重新开具销售发票或取得对方有效证明后开具红字发票。
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