宅基地是农村集体组织按照一定标准无偿分配给本集体成员的，用于建设住宅和厨房、厕所等设施的土地及庭院用地。包括建了房屋的土地、建过房屋但已无上盖物不能居住的土地以及准备建房用的规划地三种类型。农村宅基地属于集体所有，农村居民只有使用权。
权属调查中遇一户多宅的情况，需查清其情况是继承还是其它原因，再判断其是否可以办理两证。举例：如果户主已有一处房屋，且还有一处是继承的房屋，房屋在无改建变动的情况下，除继承可以为其确权发证，其它情况只调查登记，不确权发证。
根据您描述的情况，应该是只能办理一个证件。根据物权法规定，宅基地上的房子是您的私有财产，理论上来说，只要财产没有灭失，宅基地不会收回！
继承法 第三条 遗产是公民死亡时遗留的个人合法财产
继承法不与家庭发生矛盾冲突，任何群众不要故意让两者出现抵触，你确定你父亲为你们家的家庭发展做够贡献了吗？注意找一个全国人民都知道的家庭比一比，例如山东曲阜孔府（曾经的），你们家真的没法比，就低调、务实点远离继承别提了。违反一户一地政策就是违反，政府不收回就静观其变随便吧。80年代中期全国范围内整治过一次宅基地，那时候政府和村里的态度立场非常简单、坚决，必须是村里按规安排政府依法审批、批准发放的，并且当时维持符合规定，不要符合收回规定，否则无条件收回，旧房子不值多少钱，用不着深究。时过境迁，不能认为政府只能批准不能收回
建议三宅全部办证，因为集体土地上的确权工作遇到拆迁会有很大浮动，提前办证对以后得宅基地确权工作也有利
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