小口鲶的口裂较短，末端伸达眼球前缘下方，而大口鲶的口裂长，末端伸达眼球中后部下方；小口鲶的体形前端不明显粗大，整个体形均匀，呈长条形；而大口鲶身体的前段明显较粗大，肛门后身体较小且甚扁薄；小口鲶的尾鳍上下叶等长，大小无明显差异，而大口鲶的尾鳍上叶较下叶长，稍窄且略尖；小口鲶的第二下颌须在体长80毫米以下时已退化，而大口鲶在体长100～150毫米时存在第二下颌须。
