视医疗机构是否是企业而定，如果是企业则需要填写纳税识别号，如果是公立医院事业单位，则不用填写税号。
附文件依据
《国家税务总局关于增值税发票开具有关问题的公告》
国家税务总局公告2017年第16号
为进一步加强增值税发票管理，保障全面推开营业税改征增值税试点工作顺利实施，保护纳税人合法权益，营造健康公平的税收环境，现将增值税发票开具有关问题公告如下：
一、自2017年7月1日起，购买方为企业的，索取增值税普通发票时，应向销售方提供纳税人识别号或统一社会信用代码；销售方为其开具增值税普通发票时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号或统一社会信用代码。不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
本公告所称企业，包括公司、非公司制企业法人、企业分支机构、个人独资企业、合伙企业和其他企业。
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1、如果医疗机构是企业则需要填写纳税识别号。
2、如果是公立医院事业单位，则不用填写税号。
一、根据《国家税务总局关于增值税发票开具有关问题的公告》国家税务总局公告2017年第16号为进一步加强增值税发票管理，保障全面推开营业税改征增值税试点工作顺利实施，保护纳税人合法权益，营造健康公平的税收环境，现将增值税发票开具有关问题公告如下：
1、自2017年7月1日起，购买方为企业的，索取增值税普通发票时，应向销售方提供纳税人识别号或统一社会信用代码。
2、销售方为其开具增值税普通发票时，应在“购买方纳税人识别号”栏填写购买方的纳税人识别号或统一社会信用代码。
3、不符合规定的发票，不得作为税收凭证。
4、本公告所称企业，包括公司、非公司制企业法人、企业分支机构、个人独资企业、合伙企业和其他企业。
5、政府部门不属于企业范围，所以机关事业单位作为购方开具发票时，无需填写纳税识别号。
只要是开增值税发票都是需要纳税人识别号的。
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