A、病毒无细胞结构，不属于生命系统的结构层次，A错误；B、蛋白质为生物大分子，不属于生命系统的结构层次，B错误；C、大肠杆菌为单细胞生物，既是细胞层次，又是个体层次，C正确；D、豌豆为植物，由多细胞构成，属于个体层次，D错误．故选：C．
