（1）洋葱鳞片叶表皮细胞不进行光合作用，没有3（叶绿体）．蓝藻（原核生物）与甲图（真核生物）在结构上的主要差别是没有核膜为界限的细胞核．
（2）乙的左图中正在进行光合作用光反应阶段，场所为3（叶绿体）；乙的右图中正在进行有氧呼吸的第三阶段，场所为4（线粒体）．光反应阶段除了水的分解，还包括ATP的形成；有氧呼吸的第三阶段除了产生水，还合成大量ATP．
（3）分泌蛋白质是胞外蛋白，由附着在⑤内质网上的④核糖体合成．分泌蛋白质在加工和转运的过程中，需要②囊泡的协助．
故答案为：
（1）3 蓝藻没有核膜为界限的细胞核
（2）3 4 ATP
（3）⑤内质网 ④核糖体 囊泡
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