1946年建院，是苏北地区第一所人民医院，曾被命名为“叶挺县人民医院”；
解放后，成为“盐城县人民医院”；
1983年，盐城建市，更名“盐城市第三人民医院”；
1987年，被命名为“盐城市红十字医院”；
1994年，以较好成绩通过省卫生厅二级甲等医院评审，并先后成为南通大学、徐州医学院和江苏省职工医科大学教学医院；
2002年，成为东南大学医学院附属盐城医院；
2006年，经市委、市政府批准，升格为县处级建制单位；
2010年10月，南院建设基本完成，并逐步投入使用；
2011年9月，以较好的成绩通过省卫生厅三级综合医院评审 。
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