海马篇 (BOSS-海马濑人,青眼白龙牌组 海马公司) (001-002集)
决斗者王国篇 (BOSS-有千年眼的贝卡斯,卡通牌组 决斗之岛) (003—055集)
决斗城市 上 (BOSS-有假千年锡杖的希利德,陷阱牌组 战斗城市) (056—097集)
乃亚篇 (BOSS-海马乃亚,方舟牌组;海马刚三郎,大法师牌组 虚拟世界) (098—121集)
决斗城市 下 (BOSS-有千年锡杖的暗马利克,不死(太阳神的翼神龙)牌组 决斗艇、决斗塔) (122—142集)
多马篇 (BOSS-达姿,奥雷卡尔克斯牌组 美国) (143—184集)
KC篇 (BOSS-雷恩,童话牌组;奇古罗伊德,战斗女神牌组 海马乐园美国分布) (185—198集)
埃及篇 (BOSS-有千年智慧轮的暗獏良,死灵牌组 古埃及) (199—219集)
决战篇 (BOSS-有千年积木的暗武藤游戏(法老亚图姆),游戏牌组 冥界之门)(220-224集)
第二部的大致海马篇 (BOSS-海马濑人,青眼白龙牌组 海马公司) (001-002集)
决斗者王国篇 (BOSS-有千年眼的贝卡斯,卡通牌组 决斗之岛) (003—055集)
决斗城市 上 (BOSS-有假千年锡杖的希利德,陷阱牌组 战斗城市) (056—097集)
乃亚篇 (BOSS-海马乃亚,方舟牌组;海马刚三郎,大法师牌组 虚拟世界) (098—121集)
决斗城市 下 (BOSS-有千年锡杖的暗马利克,不死(太阳神的翼神龙)牌组 决斗艇、决斗塔) (122—142集)
多马篇 (BOSS-达姿,奥雷卡尔克斯牌组 美国) (143—184集)
KC篇 (BOSS-雷恩,童话牌组;奇古罗伊德,战斗女神牌组 海马乐园美国分布) (185—198集)
埃及篇 (BOSS-有千年智慧轮的暗獏良,死灵牌组 古埃及) (199—219集)
决战篇 (BOSS-有千年积木的暗武藤游戏(法老亚图姆),游戏牌组 冥界之门)(220-224集)
千年神器中千年眼的拥有者,贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战,但武藤游戏却因为时间终止而败北,武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中(漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带)
武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷,与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗,与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。
前半段收集星星加入贝卡斯城堡
中间穿插了渔夫、孔雀舞、貘良了、恐龙龙崎、海马、羽蛾等配角的故事
后半段在贝卡斯城堡中苦斗
最后打败了贝卡斯救回爷爷