医院科室设置齐全，有急诊科、重症医学科、脑病科、骨伤科等36个临床科室；有检验科、病理科等10个医技科室；开设有中医肝病、结石、不孕不育、皮肤、口腔等48个专科专病门诊。拥有国家级临床重点专科肿瘤科、国家级重点中医专科建设单位肾病科、“十二五”国家级重点中医专科建设单位心血管内科、护理学安徽省重点中医专科脑病科、肿瘤内科、脾胃病科、骨科，市级重点中医专科内分泌科、肺病科、肛肠科。
