上海中医医院有5个专科被列为上海市中医特色专科：中医失眠症特色专科、中医红斑狼疮特色专科、中医小儿厌食症特色专科、中西医结合治疗帕金森病特色专科、中医综合治疗腰椎间盘突出症特色专科；建有五个老中医工作室：王翘楚老中医工作室、沈丕安老中医工作室、董氏儿科王霞芳老中医工作室、李如奎老中医工作室、余莉芳老中医工作室。
近年来引进、更新了一批先进的现代化仪器设备，如DSA、螺旋CT、全自动生化仪、彩色超声仪等，为病人提供科学的诊断、治疗保障。
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