公司开给对方普票，因当时对方是小规模纳税人，现对方转为一般纳税人，让我重新增值税专用票好抵扣，怎么

严格来讲你可以拒绝对方的要求,因为在发生经济业务时对方是小规模纳税人,没有资格取得专用发票
但考虑到以后和对方的业务合作,你可以重新开增值税专用票给对方,但要先开一张红字的普通票,把之前的销售红冲掉,再按专用票正常入账即可.

开发票没什么好坏之分，这是你应该做的，区别嘛，就是你只能给小规模纳税人开具普通发票，不用开专用发票，开了也没用，他们也抵扣不了税，一般纳税人不管是开普通发票还是专用发票都得一样交税，都是17%。

按规定是可以不理他的，但是为了业务往来，你可以开负数发票

我觉得wcsnsh说的对。但是，由于是同一单位，税务从时间上会找到你的问题的。你最好把开票数字不要一样。你要完全一样了就可能有麻烦。

增值税专用发票管理
3.专用发票的开具时限
专用发票开具时限规定如下：
（1）采用预收货款、托收承付、委托银行收款结算方式的，为货物发出的当天。
（2）采用交款提货结算方式的，为收到货物的当天。
（3）采用赊销、分期付款结算方式的，为合同约定的收款日期的当天。
（4）将货物交付他人代销，为收到受托方送交代销清单的当天。
（5）设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送到其他机构用于销售，按规定应当征收增值税的，为货物移送的当天。
（6）将货物作为投资提供给其他单位或个体经营者，为货物移送的当天。
（7）将货物分配给股东，为货物移送的当天。
一般纳税人必须按规定时限开具专用发票，不得提前或滞后。

规定是上述的。
至于怎么处理，就看你怎么取舍了，你得跟你领导讲明利害关系，请示他怎么办。
利害关系就是：开给对方的话，可以促进合作关系，但是对税务不好交代，是个隐患，事情可大可小，小的话税务的不会来查你（除非你的金额涉及上万的税），说大的话，税务查到你之后说你协助漏税，你也无话可说，毕竟货物出库单，银行进账单都是在哪里摆起的，都是证据。
不开给对方的话，合规，税务没问题，但是合作方可能会穿你小鞋，以后有事求别个的时候，可能别个也不会通融。除非你单位牛气得很（比如烟草公司，机场等垄断行业公司）只有他求你，没有你求他，你就可以理直气壮搬出上述规定给他说NO。
所以，还是请示你财务领导最好，或者咨询下专管员，如果税务方说不行，那你拒绝就更有理由了。