1、乙银行享有对该厂房的抵押权，抵押权是从债权，当债权没有灭失，并且已经登记生效的情况下，该抵押权仍应有效。
2、丙银行的抵押权应是第二顺位，因为根据我国《物权法》第180条规定，如同一财产向两个以上债权人抵押的，抵押权均登记生效的，按照登记的先后顺序清偿。因此，应该按照登记生效的时间计算清偿顺序。
3、向丙银行承担责任，因为乙银行的抵押权是第一顺位，因此抵押财产的变价款应优先向乙银行偿还，剩下的价款向丙银行偿还。而丙是因为登记机关的瑕疵登记而借款给甲，是基于对登记公告的普遍信任而借款，因此因登记瑕疵而产生的损失应由登记机关承担。
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