乡里的土地管理所，县里的土地管理局。依据的法律有：《土地管理法》、《农村宅基地管理办法》。（我觉得，你后面括号里面说的那个不是很准确。一个部门的职能即管辖范围，应该是有规定的，除非是走后门，否则其它部门是管不了的——管也要有法律依据。）
地方法院
是确权纠纷还是权属清楚的其他纠纷你的问题不是很清楚
