大马哈鱼是深海鱼，所有生活在远海的鱼，一般汞含量都不会超标。 因为远海中海水受污染少，在这种环境下生长的鱼不仅营养价值高，而且对人体有害的重金属含量也大大低于近海鱼，食用起来比较安全。
如果说存在污染，诸如多氯联苯(PCB)，其他污染还有二恶英、以及铅、汞等重金属污染。美国一些大学的科学家们也曾对从世界各地市场采购的多达两吨的大马哈鱼及其鱼肉进行研究后认为，人工养殖的大马哈鱼体内含有大量杀虫剂等致癌毒素，因此建议人们，特别是少女和处在妊娠期的妇女尽量少食大马哈鱼，以免大马哈鱼体内遗留的化学药剂对胎儿大脑造成永久性的伤害。目前很多人群服用深海鱼油保健，除了人工养殖的杀虫剂污染，也应该看到水域的天然污染，特别是孕妇和儿童服用过多处理不当的鱼油制剂，有可能会造成重金属中毒，尤其是汞中毒。
应该说污染比浅水鱼小很多，好处也颇多，但要选择合格的产品，孕妇和孩童要慎重食用。
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