A、大肠杆菌和酵母菌都有核物质，A错误；B、大肠杆菌和酵母菌都有核糖体，B错误；C、大肠杆菌和酵母菌都含有细胞壁，C错误；D、大肠杆菌是原核生物，而酵母菌是真核生物，两者最大的区别是大肠杆菌无核膜，D正确．故选：D．
