A、豌豆生长期短，自花传粉，闭花受粉，自然状态下是纯种，A正确；B、孟德尔只提出了遗传因子，B错误；C、由单因素到多因素的研究方法：研究一对到多对相对性状的杂交，且多对遗传因子都刚好不在一条染色体上，C正确；D、科学地设计实验程序，应用统计学方法对实验结果进行分析，D正确．故选：B．
