FPGA 生成的bit文件,就是一个Hex文件,你只需要按照器件推荐的时序要求写入FPGA即可。这部分的详细说明见使用器件配置说明哪个章节。
其实,以Altera器件的PS模式为例,在datasheet上可以看到,将Program管脚拉低,然后等待FPGA的nStatus信号从低到高后,等待一段时间后开始送CLK和DATA0,待bit文件中数据送完,在保持一段时间CLK,等待DONE信号变高即可完成配置。 具体时序要求见文档,这里不再详细说明。
由于你的问题很模糊,我的理解,就是你想自己做一个下载FPGA的程序(如CPU配置FPGA),给出的这一个例子可以参考,如果使用Xilinx或Lattice的器件,配置方式略有差异,主要还是HEX文件的问题,datasheet上对于这部分的描述相对详细,建议你看看。
你在综合编译时,会产生配置文件,你只需吧配置文件下载到FPGA就行了,配置数据就会写入到FPGA或其配置芯片中。至于怎么写进去的,它有一定的时序,你不用管。