海地国旗的颜色源于法国国旗，镶国徽的国旗为官方用旗，市民旗与船旗没有徽章。
1789年法国大革命的思想渗透进当时在法国统治下的海地社会，最终导致1791年的奴隶暴动。一开始时使用法国三色旗作为对《人权宣言》信念的象徵。1803年，当时的海地革命领袖让-雅克·德萨林把法国国旗撕毁后，把红蓝两条水平再缝合而成，代表黑人和黑白混血儿的新蓝、红双色旗成为海地主体的象徵。
在海地被弗朗索瓦·杜瓦利埃和让-克洛德·杜瓦利埃统治期间，国旗为左黑右红，而非上蓝下红。
在整个19世纪里，海地国使用了不同的旗帜，不过基本设计还是黑色和红色双色直条或蓝色和红色双色横条两种，中央加上各种不同的盾形纹章。1897年正式确定为蓝红两色横条。1936年时在柏林举办的奥林匹克运动会中发现海地的国旗竟与地球另一端的列支敦士登完全一样。1980年2月25日再次改进。
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