碱裂解法制备质粒DNA时,溶液Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ中各组分的作用:
1、溶液Ⅰ:
葡萄糖是使悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部;EDTA是Ca2+和Mg2+等二价金属离子的螯合剂,其主要目的是为了螯合二价金属离子从而达到抑制DNase的活性;可添加RNase A消化RNA。
2、溶液Ⅱ
此步为碱处理。其中NaOH主要是为了溶解细胞,释放DNA,因为在强碱性的情况下,细胞膜发生了从双层膜结构向微囊结构的变化。SDS与NaOH联用,其目的是为了增强NaOH的强碱性,同时SDS作为阴离子表面活性剂破坏脂双层膜。这一步要记住两点:
第一,时间不能过长,因为在这样的碱性条件下基因组DNA片断也会慢慢断裂;
第二,必须温柔混合,不然基因组DNA会断裂。
3、溶液Ⅲ
溶液III的作用是沉淀蛋白和中和反应。其中醋酸钾是为了使钾离子置换SDS中的钠离子而形成了PDS。
因为十二烷基硫酸钠(sodium dodecylsulfate)遇到钾离子后变成了十二烷基硫酸钾 (potassium dodecylsulfate, PDS),而PDS是不溶水的,同时一个SDS分子平均结合两个氨基酸,钾钠离子置换所产生的大量沉淀自然就将绝大部分蛋白质沉淀了。
2 M的醋酸是为了中和NaOH。基因组DNA一旦发生断裂,只要是50-100 kb大小的片断,就没有办法再被 PDS共沉淀了,所以碱处理的时间要短,而且不得激烈振荡,不然最后得到的质粒上总会有大量的基因组DNA混入,琼脂糖电泳可以观察到一条浓浓的总DNA条带。
75%酒精主要是为了清洗盐份和抑制Dnase;同时溶液III的强酸性也是为了使DNA更好地结合在硅酸纤维膜上。
扩展资料
质粒抽提的窍门
(1)加溶液II(裂解液)后,操作一定要温和,剧烈混合会导致基因组DNA污染。
(2)洗脱时60℃温育(Ellution Buffer)洗脱缓冲液或去离子水效果更好。
(3)若质粒提取含量低,可增加菌液样或换用ArtMedia Plasmid Culture,其比LB培养基质粒得量高。
(4)菌体应彻底悬浮 , 如果没有彻底悬浮菌体,则残留的菌体团块在溶液 II 加入后,变成难以完全裂解的团块。这个团块在溶液 III 加入后,会有一部分蛋白质继续存在于溶液中,成为蛋白质残留的最大根源。
(5)加入溶液 II 后,混匀,体系最好能立即变得清澈。体系如果变得清澈了,马上加入溶液 III 中和。
(6)中和的操作 ,在 1.5ml 离心管中加入溶液 III 后,先颠倒两次,使管底朝上,用指头弹击管底数次,再颠倒混匀。效果非常好。
参考资料来源
百度百科-质粒抽提
加入溶液1的目的主要是将细菌团块重新溶解于缓冲液中;溶液2含有SDS及NaOH,前者可将细菌溶解,后者可将DNA变性;溶液3是由醋酸和钾盐组成,前者在于中和碱性,后者则有利于染色体DNA的沉淀
碱裂解法制备质粒DNA时,溶液Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ中各组分的作用:
1.
溶液Ⅰ: 葡萄糖是使悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部;EDTA是Ca2+和Mg2+等二价金属离子的螯合剂,其主要目的是为了螯合二价金属离子从而达到抑制DNase的活性;可添加RNase A消化RNA。
2.
溶液Ⅱ 此步为碱处理。其中NaOH主要是为了溶解细胞,释放DNA,因为在强碱性的情况下,细胞膜发生了从双层膜结构向微囊结构的变化...
3.
溶液Ⅲ 溶液III的作用是沉淀蛋白和中和反应。其中醋酸钾是为了使钾离子置换SDS中的钠...
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