看你的安装方式。
如果 GRUB 安装到 MBR ，那么计算机启动时 MBR 引导会直接变成 GRUB 的 stage1 。这样不需要激活分区。
但如果你把 GRUB 装到了别的地方，MBR 保留 MSDOS的引导记录（现在 Windows 8 一样还是这套东西，除非你用动态卷）。这个 MSDOS 引导记录程序需要主分区表里面的分区做激活，他会把这个激活信息的分区里面的引导块的程序读取并且运行。这样，GRUB 的 stage1 所在分区就需要激活来让 MSDOS 引导记录启动他。
所以，应该激活的不是 Linux 系统所在分区，而是 GRUB 所在分区。对应的也就是 /boot 分区（如果没有单独分。那么就是 / ）。但如果你的 GRUB 装到了 MBR ，那么激活就不是必须的。
如果你的 GRUB 不是用 Linux 自己的，而是给 Windows 的 BCD/ntldr 装一个附加的 GRUB for windows/dos 。那么你应该激活 Windows 的启动分区（注意 Windows 最近的版本，好像包括 7/8 和 server 2008 ，启动分区可以不是 C 而是那个 100M 的分区）。
这要看你的安装方式。如果你和我一样，是先安装Windows，再安装Linux，且用Windows Loader来引导GRUB（也就是先进Windows Loader，选择后再进入GRUB来引导Linux），那么我建议你把Windows的分区设为主分区，把Linux的分区设为逻辑分区。
你可以到我的百度空间里看看《Ubuntu & Windows 双系统》这篇博文。
不需要（centos和ubuntu都不需要）
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