你用的是控制台程序，当然会出现命令窗口了。。这是肯定的啊，要不然程序怎么运行，就像linux的脚本，你不用shell来执行，你用什么来执行？
想不有这个东西只能用win32 api或者mfc来做，不过那是NC行为吧。。你可以改一下，用LUA来调用C不就好了~
从你贴出来的代码看,不会出现窗口的,你应该检查其他地方,调试运行试试,看窗口到底是什么时候,在哪部分代码出现的.
这跟LUA没什么关系，如果你吧LUA代码都注掉还出现，说明你的LUA本身是有问题的
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