会有案底的，但不影响办理港澳通行证，除非案子还没结束或者有其它问题。首次办理港澳通行证须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证和户口簿的原件及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）以及填写《中国公民出入境证件申请表》，2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
