NTFS版，原因是：
·NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB。而Win 2000中的FAT32支持分区的大小最大为32GB。
·NTFS是一个可恢复的文件系统。在NTFS分区上用户很少需要运行磁盘修复程序。NTFS通过使用标准的事物处理日志和恢复技术来保证分区的一致性。发生系统失败事件时，NTFS使用日志文件和检查点信息自动恢复文件系统的一致性。
·NTFS支持对分区、文件夹和文件的压缩。任何基于Windows的应用程序对NTFS分区上的压缩文件进行读写时不需要事先由其他程序进行解压缩，当对文件进行读取时,文件将自动进行解压缩；文件关闭或保存时会自动对文件进行压缩。
·NTFS采用了更小的簇,可以更有效率地管理磁盘空间。在Win 2000的FAT32文件系统的情况下,分区大小在2GB～8GB时簇的大小为4KB；分区大小在8GB～16GB时簇的大小为8KB；分区大小在16GB～32GB时,簇的大小则达到了16KB。而Win 2000的NTFS文件系统，当分区的大小在2GB以下时,簇的大小都比相应的FAT32簇小;当分区的大小在2GB以上时(2GB～2TB),簇的大小都为4KB。相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盘空间，最大限度地避免了磁盘空间的浪费。
·在NTFS分区上,可以为共享资源、文件夹以及文件设置访问许可权限。许可的设置包括两方面的内容：一是允许哪些组或用户对文件夹、文件和共享资源进行访问；二是获得访问许可的组或用户可以进行什么级别的访问。访问许可权限的设置不但适用于本地计算机的用户,同样也应用于通过网络的共享文件夹对文件进行访问的网络用户。与FAT32文件系统下对文件夹或文件进行访问相比，安全性要高得多。另外,在采用NTFS格式的Win 2000中,应用审核策略可以对文件夹、文件以及活动目录对象进行审核，审核结果记录在安全日志中，通过安全日志就可以查看哪些组或用户对文件夹、文件或活动目录对象进行了什么级别的操作，从而发现系统可能面临的非法访问,通过采取相应的措施，将这种安全隐患减到最低。这些在FAT32文件系统下,是不能实现的。
·在Win 2000的NTFS文件系统下可以进行磁盘配额管理。磁盘配额就是管理员可以为用户所能使用的磁盘空间进行配额限制，每一用户只能使用最大配额范围内的磁盘空间。设置磁盘配额后，可以对每一个用户的磁盘使用情况进行跟踪和控制，通过监测可以标识出超过配额报警阈值和配额限制的用户，从而采取相应的措施。磁盘配额管理功能的提供，使得管理员可以方便合理地为用户分配存储资源，避免由于磁盘空间使用的失控可能造成的系统崩溃，提高了系统的安全性。
·NTFS使用一个“变更”日志来跟踪记录文件所发生的变更。
·还有诸如加密文件数据等等，和系统服务相关的东西不少。
NTFS的优点
1.具备错误预警的文件系统
在NTFS分区中，最开始的16个扇区是分区引导扇区，其中保存着分区引导代码，接着就是主文件表(Master File Table，以下简称MFT)，但如果它所在的磁盘扇区恰好出现损坏，NTFS文件系统会比较智能地将MFT换到硬盘的其他扇区，保证了文件系统的正常使用，也就是保证了Windows的正常运行。而以前的FAT16和FAT32的FAT(文件分配表)则只能固定在分区引导扇区的后面，一旦遇到扇区损坏，那么整个文件系统就要瘫痪。
但这种智能移动MFT的做法当然并非十全十美，如果分区引导代码中指向MFT的部分出现错误，那么NTFS文件系统便会不知道到哪里寻找MFT，从而会报告“磁盘没有格式化”这样的错误信息。为了避免这样的问题发生，分区引导代码中会包含一段校验程序，专门负责侦错。
2.文件读取速度更高效
恐怕很多人都听说NTFS文件系统在安全性方面有很多新功能，但你可否知道:NTFS在文件处理速度上也比FAT32大有提升呢?
对DOS略知一二的读者一定熟悉文件的各种属性:只读、隐藏、系统等。在NTFS文件系统中，这些属性都还存在，但有了很大不同。在这里，一切东西都是一种属性，就连文件内容也是一种属性。这些属性的列表不是固定的，可以随时增加，这也就是为什么你会在NTFS分区上看到文件有更多的属性.
NTFS文件系统中的文件属性可以分成两种:常驻属性和非常驻属性，常驻属性直接保存在MFT中，像文件名和相关时间信息(例如创建时间、修改时间等)永远属于常驻属性，非常驻属性则保存在MFT之外，但会使用一种复杂的索引方式来进行指示。如果文件或文件夹小于1500字节(其实我们的电脑中有相当多这样大小的文件或文件夹)，那么它们的所有属性，包括内容都会常驻在MFT中，而MFT是Windows一启动就会载入到内存中的，这样当你查看这些文件或文件夹时，其实它们的内容早已在缓存中了，自然大大提高了文件和文件夹的访问速度。
3.磁盘自我修复功能
NTFS利用一种“自我疗伤”的系统，可以对硬盘上的逻辑错误和物理错误进行自动侦测和修复。在FAT16和FAT32时代，我们需要借助Scandisk这个程序来标记磁盘上的坏扇区，但当发现错误时，数据往往已经被写在了坏的扇区上了，损失已经造成。
NTFS文件系统则不然，每次读写时，它都会检查扇区正确与否。当读取时发现错误，NTFS会报告这个错误;当向磁盘写文件时发现错误，NTFS将会十分智能地换一个完好位置存储数据，操作不会受到任何影响。在这两种情况下，NTFS都会在坏扇区上作标记，以防今后被使用。这种工作模式可以使磁盘错误可以较早地被发现，避免灾难性的事故发生。
有些人发现当把磁盘转换为NTFS文件系统后，用磁盘扫描程序就很难发现磁盘错误了。经过前面的介绍，你知道这是为什么了吗?
4.“防灾赈灾”的事件日志功能
在NTFS文件系统中，任何操作都可以被看成是一个“事件”。比如将一个文件从C盘复制到D盘，整个复制过程就是一个事件。事件日志一直监督着整个操作，当它在目标地——D盘发现了完整文件，就会记录下一个“已完成”的标记。假如复制中途断电，事件日志中就不会记录“已完成”，NTFS可以在来电后重新完成刚才的事件。事件日志的作用不在于它能挽回损失，而在于它监督所有事件，从而让系统永远知道完成了哪些任务，那些任务还没有完成，保证系统不会因为断电等突发事件发生紊乱，最大程度降低了破坏性。
5.我是否需要哪些附加的功能?
其实，NTFS还提供了磁盘压缩、数据加密、磁盘配额(在“我的电脑”中右击分区并并行“属性”，进入“配额”选项卡即可设置)、动态磁盘管理等功能，这些功能在很多报刊杂志上介绍的比较多了，这里不再详细介绍。
NTFS提供了为不同用户设置不同访问控制、隐私和安全管理功能。如果你的系统处于一个单机环境，比如家用电脑，那么这些功能对你意义不是很大。
NTFS使用注意事项
NTFS是微软Windows NT内核的系列操作系统支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。除了在局域网安装了NT系列的用户们使用NTFS外，随着NT内核的桌面系统Windows2000和XP的普及，很多个人用户也开始把自己的分区格式化为NTFS。
在一般情况下，NTFS的格式不能被Windows9X识别，而且在安装、操作方面也有差异，所以个人用户在使用这种磁盘格式的时候，必须留意下面的注意事项：
一、NT内核的系统应始终使用NTFS 吗？
NTFS是微软推荐在NT系列上使用的文件系统，但是，会有一些特殊的原因使用其他文件系统。如果计划用其他操作系统（包括 MS-DOS）访问文件，则应把引导的分区，即C盘选择格式为 FAT（包括FAT32）文件系统。如果使用的是NTFS文件系统并要与Windows NT进行双重引导，那么在继续Windows 2000或XP的安装之前，必须要为Windows NT安装SP4或更高版本的补丁。
二、转化NTFS和其他分区格式的技巧
一台机器用PQ7把一个分区由NTFS转换成FAT32格式，完成后发现该盘中的中文名的文件夹全部变成问号，打不开了。此时想转回来时发现提示磁盘错误，用Windows的磁盘扫描和DOS的CHKDSK检查后仍无法转换，里面有其下载的几百M的文件，现在已经搞的面目全非了。
其实，如果NTFS的分区容量很大且内有大量的数据存在的话，用直接转换的方式不仅缓慢，而且是很危险的——因为在每一个步骤里，转换的工具程序都要先读取扇区信息、拷贝到临时目录、转化格式再从临时目录读数据重新写入转换好的空间，再校验……这样的操作其实和低级格式化硬盘或是刷新主板的BIOS差不多危险，一旦发生掉电或是瞬间的数据量过大传输溢出缓冲区导致的死机，重新开机后可能就会丢失分区的所有信息，或是破坏引导区数据甚至是损坏硬盘。
如果硬盘其他分区有足够的空间，用拷贝后删除文件再转化的方法，会事半功倍。具体的操作就是先在其他分区建立一个目录，然后转到你的NTFS分区，选定全部文件，用复制粘贴的方法进行转移数据。然后把NTFS分区的数据清空，再进行转化格式就快很多，也安全得多了；从FAT的格式转换到NTFS也是一样道理。这种拷贝，比直接转换分区格式读读写写、又校验数据的那种繁琐过程快很多，可以在转换完成后，把数据拷贝回该分区。
另外，建议在清空数据后，利用GHOST镜像NTFS或FAT格式的空白分区，得到一个备份文件，以后如果再要转换分区格式利用它来进行就更快。
三、虚拟内存（页面文件）与NTFS的卷
现在很多人装了双硬盘系统甚至是简单的RAID磁盘阵列，在使用这种结构的系统同时是需要NTFS支持卷功能的，此时，应该尽量避免页面文件和系统文件在同一分区上，也不要在同一物理磁盘驱动器的不同分区中放置多个页面文件。特别注意避免将页面文件放入容错驱动器，例如镜像卷或 RAID-5 卷，因为页面文件不需要容错，而且一些容错系统将数据写到多个位置，会导致非常缓慢的数据写操作。
四、如果使用了虚拟机或是磁盘压缩，不适宜使用NTFS格式
使用虚拟机时，在NTFS分区引导的机器上使用光盘引导后，在装操作系统的时候，将会出现以下提示：
Please wait while Setup initializes.
Scanning system registry...
Cannot create a temporary directory.
If you have HPFS or NTFS installed on your hard drive， you will need to create an MS-DOS boot partition to set up Windows.
因为虚拟机出于兼容的考虑，只内置了最常用的硬件和软件支持，对NTFS格式的支持目前还不是很好。如果你使用Windows9X加补丁的方式来读写NTFS分区的话，也可能会导致某些长文件名或是中文名的文件结构被破坏；在使用GHOST备份和恢复的时候也可能会出现莫名其妙的错误。所以，上NTFS还是用NT内核的系列视窗系统好。
另外，注意压缩过的分区不能转化为NTFS。其实压缩磁盘分区变相增大容量是以系统速度的极大牺牲为代价的；而且还会给以后的系统维护、转换分区格式、升级操作系统等等带来很大麻烦。除非是完全出于备份数据的考虑，其他的应用建议不要使用Windows的分区磁盘压缩功能。
没讲究 如果非要用的话 还是NTFS这个版本好 你也可以分区的时候 就把硬盘选择NTFS
使用FAT32格式。。。NTFS大多用于VISTA系统。。FAT32产生的碎片多，安全性能比NTFS差点，，，密码什么的都可以破解得，，这俩格式可以转换的。。。基本上都是FAT32，反正我们电脑成都是这种格式哈哈
我选择NTFS
其实两个的明显不是很大，只不过ntfs比前者安全些。这是针对个人来说的。
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