按照你所说的，地税的工作存在漏洞。
你是个体工商户，地税应该每个月缴纳定额税款，而且你说以前都缴纳的，从国地税登记证合并后才没交，是这样的吧。
关于你所说，国税是在存折上缴纳的，就是实行银行扣税，地税没实行银行扣税，这不是税务机关的错。实行银行扣税需要到地税签订扣款协议，而你没有到地税签订协议，所以不能实行银行扣税。
地税说你欠税3年了，是不是就是说两证合并已经3年了？虽然说由于纳税人的原因，税务机关可以在三年内追缴欠税，但是，在纳税人头一个月没有缴税的情况下，税务机关应该对纳税人下达《限期改正通知书》、《限期缴纳税款通知书》限期缴纳税款。而地税根本没有做这一步，这样给纳税人造成一个困惑：是不是两证合并后重新核定的税款为不达起征点？（正常情况下，地税每年核定一次）。这是地税工作的失误。那你以前缴纳地税时，每个月核定多少税款？如果变了，税务机关应当对你下达《定额核定调整通知书》，他们没下达就没有证据说每月800多元。
综上所述，三年没有缴税是你的错，但是地税的工作也存在很大的漏洞，你可以找你的税管员陈述以上理由，要求按以前的税额标准补税。如果税管员不同意，要求你必须按照现在的标准缴纳，那你可以在清理完税款及罚款滞纳金后，按以上的漏洞和理由到上级税务机关或者人民法院申请行政复议或者起诉，那样地税肯定败诉。如果你不补税，或者说不清理税款，那么无论是行政复议还是法院判定你都输。
你还想办理营业执照、税务登记，那么必须把地税登记先注销，然后全部重办。而你不补税，以后办理地税肯定有麻烦。
给你个建议：和税管员多沟通，多陈述你的理由（税款变高），并且一下子补那么多税，还有滞纳金和罚款，你承受不了。（实在不行，只能补税后行政复议或者起诉）
以上观点，希望能给你点帮助。愿你圆满解决这个难题。加油！！！
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