A、用纸层析法分离叶绿体中的色素，A错误；B、在还原糖中加入斐林试剂，水浴加热后出现砖红色沉淀，B错误；C、蛋白质的鉴定不需要水浴加热，C错误；D、健那绿可将活细胞中的线粒体染成蓝绿色，D正确．故选：D．
