一般有体外和体内两种较为常用的方法：
体外：用EMSA
通常将纯化的蛋白和32P同位素标记的DNA探针（取promoter部分）一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上，分离复合物和非结合的探针。DNA-复合物比非结合的探针移动得慢。然后再放射自显影的仪器上就可以看到条带，如果条带移动得慢，就是有结合。
体内：报告基因方法
就是将你想要检测的promoter装在一个载体上，然后导入特定的细胞内。该细胞内有表达或者过表达你所想检测的转录因子。如果转录因子可以结合在你的promoter上，就可以启动下游的报告基因表达。报告基因可以是荧光蛋白，也可以是荧光素酶。
注：promoter--启动子。其实enhancer也可以用来当promoter。
可以在启动子下游连接一个报告基因，如GFP（绿色荧光蛋白基因）。当转录因子与启动子结合时，就会启动其下游的基因转录，GFP表达，可以看到绿色荧光。
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