我农村户口，想问些关于农保和社保的问题。

这个就看是管的严格不严格了，正常情况下就是：农村合作医疗保险和企业所交社保的医保部分是有重复的，原则上大病医疗报销的时候只能享受其中的一种！也就是说你报销的时候你走医保就不能走农合了，走农合就不能走医保了，只能享受其中一种。
所以说要两个户头和一个户头其实是没用多大的区别了，原则上现在就是不能共有（医保，有城镇职工医保和城镇居民医保；农合，农民也是按固定费用缴纳医保费用。两者面对的缴纳人群有差异的。。。），但是查的不严的话也有两个并存的现象，但这都不是很正规的。农合要是销户了以后再想办除非你是农村户口，否则就办不了了，而且现在国家对农民待遇有所提高，农合享受的优惠也比较大，审核也慢慢会严格起来，再办理难度也不会小的估计。
顺便说一下，我觉得你们企业说的应该不是农合（农村合作医疗保险，也就是你说的农村医疗保险）和社保的冲突，而是农合和医保（社保中一部分。社保一般是我们通常说的"五险一金"，五险即:养老保险，医疗保险，失业保险，生育保险和工伤保险;一金即:住房公积金）的冲突，应该是叫你在医保和农合中选择一种交的，别的部分应该是不冲突，他们是没有拒绝给你代缴的权利的。
希望能够帮助到您。