我觉得是因为真次发觉最后只有他和明日香活下来，十分悲伤，因为他真正喜欢的是零，但零作为亚当的一部分，不肯能和他在一起，使他感到悲痛，然后看到明日香躺在自己身边，知道是自己和明日香作为新世界的亚当夏娃，就充满了绝望，开始有干脆这世界就不要再重生的想法了，于是就像亲手杀了作为夏娃的明日香。不过最后在掐明日香的过程中，还是有点理智恢复了，所以应该最后也没有掐死，为了延续生命吗。
复杂的n角关系，感叹一句……
真嗣之所以掐明日香是想确定自己以及世界的存在，他不知道自己是不是真实的自己，世界是不是真实的世界（他在补完仪式中的经历所致，谁有了那种经历可定都会发疯的啊~），所以他就掐明日香（真嗣想让之前已死的明日香复活，神就遵从他的意志时明日香复活）来证实他自己以及世界存在的真实性~
以上~
因为他恨明日香
真次同志在经历了补完之后（虽然他没有被补完），决定面对世界。面对自己不想面对的事。
而且原来明日香经常欺负他。他就····
因为明日香鄙视碇不是男人.事关男人和“男人”的荣誉,就发了点男人的脾气
最后只剩真治和明日香 大概是当年的亚当和夏娃吧。。。真治掐明日香 大概只是剧情需要。。
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