不知道楼主你因公护照是不是有公派项目，如果是你个人目的办理J-1签证是肯定不行的，因为持有因公护照必须是用机关或单位统一办理，个人是办不了的，如果你有公派项目那就可以办，还可可以转成因私护照，因公护照持J－1签证留学人员如何办理转换因私护照？
根据国家有关规定，公派留学人员可申请将因公护照更换为因私护照。
办理护照更换的手续是：
一、按要求认真填写《留学人员登记表》和《留学人员换领因私普通护照申请表》。
二、本人护照(原件)及资料复印件一份。
三．原单位同意转换因私护照证明及与原单位结清经济、住房关系证明。
四、凡由南加州、亚历桑那、新墨西哥州、夏维夷州之外转来本领区的留学人员，请在申请换照前与原所在使、领馆联系，请该使、领馆教育组将您的报到材料转至我组 。你说的那个学科建设项目只要是公派的就可以使用因公护照办理J1签证了。
不可以，只能用因私护照
这个没有办法的。
持身份证和户口本到户籍所在地办理因私护照，需要2周时间，200元。
持有因公护照必须是机关或单位统一办理J-1签证，个人是办不了的。
办美国签证跟本不管你是私人或公务护照，这些对美国政府来说是无分别的。办签证手续，要求都是一样。再说公司是不是美国商会成员跟通不通过代理办理也是两回事。
还有几点要注要的，
1、总公司一定要给邀请函和在美国的联络人地址，电话等。
2、要有一个详细的美国行程。
3、虽然这跟签证没关系，但拿因公护照的都是政府人员。必需得领导审批才能出国。不然拿到签证都去不了。这个要多留意。
除非你有本事把签证和护照换成因私出国。。。。
持因公护照去美国不可以办理J-1签证。
J-1签证是一种非移民签证，亦即访问学者签证，由美国移民局签发给来美国参加美国国务院批准的“交流访问者计划”的各类外籍人士，交流项目受美国政府的支持，因此签证成功率高（保持在99%的水平）。
持J-1签证者在美停留期限一般只有1年至三年，且期满后须回国两年后才能申请其它类型的签证。J-1非移民签证促进了美国与其它国家教育文化的交流。
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