根据《教育费附加和地方教育附加征收管理办法》(人民政府令第218号)第八条的规定,已征收入库的教育费附加、地方教育附加,因依法减免“三税”需要退付的,由地方税务部门汇总实际发生的退付金额并附相关文件,按照有关规定向同级财政部门申请办理退库手续。