从理论上来讲，所谓政府门户网站，即是指一级政府在各部门的信息化建设基础之上，建立起跨部门的、综合的业务应用系统，使公民、企业与政府工作人员都能快速便捷地接入所有相关政府部门的政务信息与业务应用，并获得个性化的服务，使合适的人能够在恰当的时间获得恰当的服务。但是，具体到中央政府和地方政府而言，由于政府职能的巨大差异，中央政府门户网站和地方政府（特别是地级市政府）门户网站在具体功能、体系结构及业务流程等方面存在着很大的不同。就具体功能来说，中央政府门户网站主要是向全社会甚至是世界宣传和展示中国政府形象，让人们能够对中央政府的基本情况有个切实的理解和认识；向公众提供全面、系统、权威、详实的法律、法规、部门规章以及规范性政府文件及其准确的解读和分析等，让社会有法可依；作为中央门户，向人们提供接入所有中央政府机构和省级地方政府的平台和通道；根据特定内容，向公众提供专门的服务。而地方政府门户网站的主要功能是直接面向本地社会公众处理与人们密切相关的那些事务，为提高政府行政效率、改善地方经济社会发展环境搭建虚拟平台。
就体系结构来说，地方政府门户网站是“电子政务前台-后台服务体系”的一个重要的组成部分，与本级政府内网门户、行政服务中心以及服务提供方式和渠道等共同构成一个完整体系，是提高电子政务效能的关键环节。在这个体系中，存在着三层前台-后台体系，即社会公众—门户网站、门户网站—行政服务中心、行政服务中心—内网门户和政府职能机构。但是，就中央政府门户网站而言，这种“电子政务前台-后台服务体系”以及前台-后台关系是不明确、不完整的。比如，由于中央政府门户网站通常并不直接面向公众办理具体事务，因而在其前台-后台服务体系中就没有行政服务中心，也就没有前面的三层前台-后台体系。与中央政府门户网站相关的前台-后台关系，更多的是表现为一种机制或规定做法，并不一定要有实体机构。因此，对中央政府门户网站的前台-后台关系做过多的设想是不切实际、也是没有必要的。