1、产生条件不同
变种是与亲代（上一代）不同，产生差异性变异，称为变种。在植物中，有些植株的性状与基本种不同，而以往是以花色（大部分的白花）、株形（垂樱）、叶形等某一性状的差异来划分变种。
亚种是某个种的表型上相似种群的集群，栖息在该物种分布范围内的次级地理区，而且在分类学上和该种的其他种群不同。
2、划分不同
亚种是指某种生物分布在不同地区的种群，由于受所在地区生活环境的影响，他们在形态构造或生理机能上发生某些变化，这个种群就称为某种生物一个亚种。
动物分类上存有轻视变种的倾向，动物的变种常有一部分被作为品种处理，在地理分布上不同的多作为亚种处理。
3、分类不同
亚种属种内类群,是指同种内由于地域、生态,或季节上的隔离而形成的形态特征性状上有明显区别的生物群体。为此,作为一个独立种,必须具有1，2条形态特征与原亚种相区别，
变种分类系统上设在种下的等级。在植物中，有些植株的性状与基本种不同，而以往是以花色（大部分的白花）、株形（垂樱）、叶形等某一性状的差异来划分变种，但最近，作为一个品种来考虑，则至少要有两三点差异，并且占有不同的地理分布的类型才常作为变种来处理。
参考资料来源：百度百科-变种
参考资料来源：百度百科-亚种