单位出纳私自挪用公款单位主要领导应负什么责任

依你所述，这个事还挺麻烦的。
一、罪与非罪的认定是关键，如果认定有罪，那判起来还是很重的。
二、根据你的描述，基本上还是构成挪用公款罪。
主要还是要看出纳与直接领导之间的的犯意沟通。如果出纳是被直接领导所骗，以为直接领导挪用的公款是用于本单位的公务活动的，这只能算是违反财经纪律；如果出纳明知直接领导是用于其他目的，与公务无关的，那出纳构成挪用公款犯罪。
1、出纳未经正常程序，擅自同意直接领导拿钱。
根据《最高人民法院关于如何认定挪用公款归个人使用有关问题的解释》第一条规定：国家工作人员利用职务上的便利，以个人名义将公款借给其他自然人或者不具有法人资格的私营独资企业、私营合伙企业等使用的，属于挪用公款归个人使用。
2、挪用公款罪的前提是故意，即明知是公款而擅自挪用
至于出纳挪用公款的动机则可能是多种多样的，有的是为了营利，有的出于一时的家庭困难，有的为了赞助他人，有的为了从事违法犯罪活动，有的是为了巴结讨好领导（本案中的出纳即是）。动机如何不影响本罪成立。
三、本案涉案金额特别巨大，仍有1000万未归还，如认定是共犯，则可处十年以上或无期徒刑。
本案的挪用人与使用人是不一致的。当挪用人（出纳）与使用人（直接领导）不一致时：
1、如果挪用人不知使用人利用公款进行非法活动时，只能根据挪用人的明知内容，按照挪用公款进行营利或挪用公款归个人使用处罚。
2、如果挪用人知道使用人用公款进行非法活动的，则按挪用公款进行非法活动处罚；
3、刑法规定：犯挪用公款罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑。挪用公款数额巨大不退还的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
4、量刑时，出纳家庭情况，不是法定的从轻情节。家中有多个病人需要照顾，可以酌情从轻。如果认定有罪，这种从轻实际上毫无意义。