1、征收方式的不一样：
个体户工商户：定期定额交税。小微企业：查账征收。
2、税种不一样：
个体工商户缴纳的是个人所得税；小微企业缴纳的是企业所得税。
3、税收的优惠不同：
小微企业享受企业所得税税收优惠。按照财税2017年43号文的规定：自2017年1月1日至2019年12月31日，将小型微利企业的年应纳税所得额上限由30万元提高至50万元，对年应纳税所得额低于50万元（含50万元）的小型微利企业，其所得减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
个体工商户则没有优惠。
参考资料：
百度百科-个体工商户纳税
百度百科-企业所得税
小微企业是小型企业、微型企业、个体工商户的统称。
其定义标准是：在全国范围内属于非限制和禁止类行业，并具有年度纳税条件。且满足以下三个条件：
1、企业应纳税所得额300万以下；
2、企业的从业人数在300人以下；
3、现在资产总额在5000万以下。
现在有很多给小微企业提供周转经营贷款服务的平台，比如度小满金融，度小满金融将切实把国家支持小微企业渡过难关的号召落到实处，旗下信贷服务品牌有钱花全面支持小微生产经营，大多数小微业主选择有钱花，满足小微经营周转需求。据悉，度小满金融的信贷用户中，有七成是小微企业主。截至目前，度小满金融携手数十家金融合作伙伴，累计为小微企业主发放数千亿元贷款，资金周转就找度小满金融，大品牌更安心。
个体工商户和小微企业在税务上的联系与区别！
一、两者联系：在税务上个体工商户和年开票不过80万的小微企业都属于小规模纳税人。
二、两者区别及其优势：
（一）名称。个体工商户通常都叫XX宾馆、XX餐馆、个体户法人的姓名等，小微企业一般都叫XX有限公司，XX有限责任公司等等。从名称看，公司肯定高大上嘛！第一印象要好得多。正规、有实力。大家觉得是不是这样？
（二）办理三证合一的难易程度不同。个体工商户简单一点，小微企业（公司）手续复杂。小微企业有更多的要求和资料。
（三）征收方式。个体工商户可以定期定额征收（也叫定税）。什么是定期定额？个体工商户税收定期定额征收，是指税务机关依照法律、行政法规及本办法的规定，对个体工商户在一定经营地点、一定经营时期、一定经营范围内的应纳税经营额（包括经营数量）或所得额（以下简称定额）进行核定，并以此为计税依据，确定其应纳税额的一种征收方式。
小微企业是没有定期定额征收的，账务不清，查账征收。
图方便，省事的话选择个工商户体是个不错的选择。
（四）税种。两者都需要缴纳增值税及其附加税费（城建税、教育费附加、地方教育费附加），主要区别在于个体工商户缴纳的是个人所得税，小微企业缴纳的是企业所得税。
小微企业享受企业所得税税收优惠。按照财税2017年43号文的规定：自2017年1月1日至2019年12月31日，将小型微利企业的年应纳税所得额上限由30万元提高至50万元，对年应纳税所得额低于50万元（含50万元）的小型微利企业，其所得减按50%计入应纳税所得额，按20%的税率缴纳企业所得税。
个体工商户不享受的。
五、税负比较。大家普遍都认为个体户嘛，税负肯定比小微企业的要低，那可也不一定哦 ，这完全误解！举个“栗子”，能力有限，理论分析，水平不够。大家知道一下就可以了。税负高的毕竟特例！
六、法律责任。这也是最重要的，个体工商户对外承担是无限责任，小微企业（公司责任）承担的是有限责任。这个不是开玩笑的！慎重！举个“栗子”，个体户向银行贷款100万，到期后还不起，个体户店子的财产50万，个人户本人要用自己的财产（比如房子）还请剩余50万的债务。
如果小微企业嘛，经营不善，申请破产。
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