发酵培养基应该选用适当的碳氮比。培养基中碳氮比的影响极为明显。氮源过多，会使菌体生长过于旺盛，ph偏高，不利于代谢产物的积累，氮源不足，则菌体繁殖量少，从而影响产量。碳源过多，则容易形成较低的ph，若碳源不足，易引起菌体衰老和自溶。另外碳氮比不当还会影响菌体按比例地吸收营养物质，直接影响菌体的生长和产物的形成。菌体在不同的生长阶段，其对碳氮比的最适要求也不一样。一般碳源因为既作碳架又作能源，因此用量要比氮多。从元素分析来看，酵母菌细胞中碳氮比约为100：20，霉菌约为100：10；一般工业发酵培养基的碳氮比约为100：0.2－2.0；但在氨基酸发酵中，因为产物中含氮多，所以碳氮比就要相对高一些。例如谷氨酸生产中取碳氮比100：15－21，若碳氮比为100：0.5－2.0，则会出现只长菌体，而几乎不合成谷氨酸的现象。碳氮比随碳水化合物及氮源的种类以及通气搅拌等条件而异，很难确定一个统一的比值。
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